Label Free定量蛋白质组学

       Label free非标记定量蛋白质组学技术是经典的定量蛋白质组学技术。该技术不使用同位素标记物，而是直接根据质谱峰的强度来对肽段或蛋白进行相对定量。Label free以一级质谱（MS1）为基础，在保留时间轴上，同一个保留时间点可获取多张MS1 谱图。在质荷比（m/z）轴上，可以区分不同肽段的信号。在峰强度轴上，峰面积的大小间接反映肽段含量的多少。最终，利用PD、Maxquant 等软件分析三种参数，综合一个蛋白被质谱检测到的多个多肽的定量信息，给出该蛋白表达综合定量值。

 

 

 

     由于Label free技术无需进行繁琐的标记定量前处理，对于样品的损耗较少，也不会受到标记试剂标签数量的限制。因此，对于微量样品（如外泌体、co-IP产物、修饰蛋白组）、大批量队列样品（如血浆、唾液）以及Fast Proteomics（Biomarker研究）的检测，Label free技术尤为适用。该技术在各类文献中应用已经非常广泛。

|   技术路线

|   技术优势

●   检测起始样本量少，耗费低，实验周期短；

●   前处理少，更多保留样本最原始信息；

●   对于低丰度多肽的覆盖程度更高；

●   不受标记试剂盒限制，可进行大批量的样本检测。

|   主要仪器设备

|   项目经验

     华盈生物已经完成上百种类型样品的定量蛋白质组学检测，蛋白质组表达具有时空差异性，不同样本的蛋白谱各有特点，下图色块大小代表的是不同样本鉴定的蛋白数量差异。

|   样品要求

|   应用方向

●   发病机理研究

●   药物靶点研究

●   疾病标志物筛选

●   植物品种改良

●   工程菌改造

●   特殊功能蛋白质筛选

|   经典案例

       国家蛋白质组中心研究团队利用Lable free技术对84例弥漫性胃癌（DGC）患者的癌与癌旁组织进行了大规模蛋白质组学筛选，从168例样本中共鉴定出11340种基因编码蛋白质（GPs）。经过层层筛选，最终选定了2538种蛋白质建立筛选模型对DGC进行重新分类。结果发现仅仅通过Lable free定量蛋白质组学数据就可以将DGC区分为PX1/PX2/PX3三种亚型。并且这三种亚型引起的功能性蛋白质组变化也各有特点，能够反映不同疾病亚型的发病机理。

      同时，该研究重点关注了PX3型的DGC患者预后较差，原因可能在于免疫相关受体或配体蛋白例如PDL1（CD274）、TMEM173 (STING)、ARG1、NT5E、CD40、IDO1、SIRPA、CD276和FCGR1A等在PX3型DGC患者癌组织中高表达。这就为肿瘤免疫抑制剂类的药物施用提供了依据，即通过Lable free定量蛋白质组数据的分析，可以为DGC患者的免疫治疗提供指导。

|   客户文献

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[6]. Qian-Nan Ren, Hong Zhang, Chao-Yue Sun, et al. Phosphorylation of Androgen Receptor by mTORC1 Promotes Liver Steatosisand Tumorigenesis. Hepatology. 2021 Aug 26.（中山大学附属肿瘤中心）IF=17.425

[7]. Long Chen, Hao Qin, Ruifang Zhao, et al. Bacterial cytoplasmic membranes synergistically enhance the antitumor activity of autologous cancer vaccines. Sci Transl Med. 2021 Jul 7;13(601):eabc2816.（国家纳米科学中心）IF=17.950

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[10]. Yihui Wang, Chunyan Li, Ling Shi, et al. Integrin β1D Deficiency-Mediated RyR2 Dysfunction Contributes to Catecholamine-Sensitive Ventricular Tachycardia in Arrhythmogenic Right Ventricular Cardiomyopathy. Circulation. 2020 May 5;141(18):1477-1493.（中国医学科学院阜外医院）IF=29.690

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[13].Chen XJ, Zhang WN, Chen B et al. Homoharringtonine deregulates MYC transcriptional expression by directly binding NF-κB repressing factor. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Feb 5;116(6):2220-2225.（上海交大医学院附属瑞金医院）IF=11.1

[14]. Anbang Wang, Yi Bao, Zhenjie Wu, et al. Long noncoding RNA EGFR-AS1 promotes cell growth and metastasis via affecting HuR mediated mRNA stability of EGFR in renal cancer. Cell Death Dis. 2019 Feb 15;10(3):154.（第二军医大学附属长征医院）IF=9.0

[15]. Hongjun Huang, Qingqing Xiong, Ning Wang, et al. Kisspeptin/GPR54 signaling restricts antiviral innate immune response through regulating calcineurin phosphatase activity. Sci Adv. 2018 Aug 8;4(8):eaas9784.（华东师范大学生物医学研究院）IF=13.6