LCM-MS显微切割空间蛋白组

空间组学作为下一个生物时代的风口，已经被研究者们广泛关注。蛋白质是人体内重要的功能分子，一直受到研究者们的重视。传统的蛋白组技术已经为我们带来了许多有趣的信息，但伴随着生物科技的发展，蛋白组学已然进入2.0空间时代。空间蛋白组将为我们直观的解析组织内部的异质性，帮助我们深入了解机体微环境中的功能蛋白，让蛋白研究回归组织原位。

|   检测流程

华盈生物空间蛋白组采用激光显微切割技术（LCM），实现在组织空间原位选取特征性的组织结构区域（ROI）进行超微量样本的获取，再利用独特的样本前处理技术结合高分辨率质谱的方式，实现组织原位的蛋白质高深度检测，这项技术是开展组织异质性研究的有效手段。

|   技术优势

——  客户案例  ——

H&E染色指导的LCM-MS空间蛋白组

系统性硬化症(SSc)是一种以免疫失调、微血管功能障碍和广泛皮肤纤维化为特征的进行性自身免疫性疾病。上海长征医院徐沪济团队在《Cell》杂志上报道了一例难治性硬皮症女性的治疗过程，并进行了机理探索。该团队利用iPSC和一系列基因编辑技术制备了一种双靶点CAR-NK细胞QN-139b，对该患者起到了显著治疗效果。该患者是一名具有20年难治性硬皮症病史的女性，抗Scl-70阳性，伴有皮肤广泛纤维化、间质性肺疾病和心肌纤维化。以往多种免疫抑制剂治疗（甲泼尼龙、环磷酰胺、托珠单抗等）对此患者均无效。

研究组在对患者皮肤组织制作的石蜡切片进行H&E染色后，利用LCM显微切割技术对皮肤基底层、汗腺层、上皮层、真皮胶原层等进行组织分离，并进行高精度蛋白质谱检测，结果发现发现QN-139b灌输后，在所有皮肤层，炎症相关通路都显著下调。在基底层和汗腺层，灌输后细胞代谢相关通路被激活；在上皮层，多肽合成增加；在真皮胶原层，胞外基质组成和创面愈合通路被激活。（华盈生物为该研究提供了LCM-MS空间蛋白组检测服务）结合单细胞测序结果，解释了QN-139b起效原因。

这项研究首次证明了iPSC来源的CAR-NK在自身免疫病治疗中的安全和有效性。这种突破性疗法逆转了传统疗法无效的纤维化，实现了免疫重置。其“现货型”特性有望解决CAR-T制造瓶颈，推动细胞治疗向更安全、可及的方向发展。

|   相关文献

[1]. Wang X, Zhang Y, Jin Y, et al. An iPSC-derived CD19/BCMA CAR-NK therapy in a patient with systemic sclerosis. Cell. 2025;188(16):4225-4238.e12.

[2]. Rosenberger FA, Mädler SC, Thorhauge KH, et al. Deep Visual Proteomics maps proteotoxicity in a genetic liver disease. Nature. 2025;642(8067):484-491.

[3]. Schweizer L, Kenny HA, Krishnan R, et al. Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression. Cancer Cell. 2025;43(8):1495-1511.e7.

[4].Muñoz-Blat I, Pérez-Moraga R, Castillo-Marco N, et al. Multi-omics-based mapping of decidualization resistance in patients with a history of severe preeclampsia. Nat Med. 2025;31(2):502-513.

[5].Zheng X, Mund A, Mann M. Deciphering functional tumor-immune crosstalk through highly multiplexed imaging and deep visual proteomics. Mol Cell. 2025;85(5):1008-1023.e7.

[6].Liu X, Abmanhal-Masarweh H, Iwanowytsch O, et al. Plasma-to-tumour tissue integrated proteomics using nano-omics for biomarker discovery in glioblastoma. Nat Commun. 2025;16(1):3412.

[7].Rosenberger FA, Thielert M, Strauss MT, et al. Spatial single-cell mass spectrometry defines zonation of the hepatocyte proteome. Nat Methods.2023;20(10):1530-1536.

[8].Davis S, Scott C, Oetjen J, et al. Deep topographic proteomics of a human brain tumour. Nat Commun. 2023;4(1):7710.

[9].Kaufmann, M., Schaupp, AL., Sun, R. et al. Identification of early neurodegenerative pathways in progressive multiple sclerosis. Nat Neurosci. 944–955 (2022).

[10].Li J, Ma J, Zhang Q, et al. Spatially resolved proteomic map shows that extracellular matrix regulates epidermal growth. Nat Commun. 2022;13(1):4012.

[11].Eckert MA, Coscia F, Chryplewicz A, et al. Proteomics reveals NNMT as a master metabolic regulator of cancer-associated fibroblasts. Nature. 2019;569(7758):723-728.