新闻资讯

新闻资讯
留言咨询
与最新消息保存同步
/
/
蛋白质组学研究需要了解的UniProt数据库的实用小功能

蛋白质组学研究需要了解的UniProt数据库的实用小功能

【概要描述】Uniprot数据库是目前蛋白质研究领域信息最为全面,资源最为广泛的数据库,能够给从事蛋白研究的人员提供有力支持。

蛋白质组学研究需要了解的UniProt数据库的实用小功能

【概要描述】Uniprot数据库是目前蛋白质研究领域信息最为全面,资源最为广泛的数据库,能够给从事蛋白研究的人员提供有力支持。

  • 分类:华盈视角
  • 作者:华盈生物
  • 来源:
  • 发布时间:2022-05-20 14:38
  • 访问量:
详情

Uniprot数据库是目前蛋白质研究领域信息最为全面,资源最为广泛的数据库,能够给从事蛋白研究的人员提供有力支持。最近Uniprot数据库官方网站进行了全新的改版和升级

网站地址:https://beta.uniprot.org/

(目前还是beta版本,预计2022年正式上线)

但是很多老师和科研工作者对这个数据库还不是特别熟悉,由此,华盈生物以新网站为例,介绍几个非常实用的小功能,教你玩转Uniport蛋白信息数据库。

 

 

|   简要搜索

在数据中直接搜索疾病名称,蛋白类别或者功能描述可以快速找到自己感兴趣的蛋白信息。如我们这地方搜索“细胞凋亡(apoptosis)”后就会出现大量相关研究的蛋白信息,然后可以点击左侧的选项卡片进一步筛选自己喜欢的蛋白。

 

|   ID转换

我们知道基因有各种各样的ID,很多时候我们需要进行不同的数据比对时候发现ID不一致,这个时候我们的Uniprot网站上的这个功能就能够派上用场了,打开网站后就可以看到ID mapping。

 

 

将自己需要进行转化的ID粘贴到输入框中,或者点击load from a text file将ID文件导入进来,然后选择下方的From database 和To database中对应的ID类型,如果要更严格的筛选的话可以输入物种名称或者对应的物种ID缩小范围,最后点击Map IDs等待数据库对ID进行匹配转化,等待数据库进行匹配就可以了。

 

匹配完成之后,我们就可以看到最终的匹配结果了,同样可以点击左边的选项卡片进一步筛选。点击上面的Download按钮可以将本次mapping的结果下载下来。

 

|   Peptide search

Peptide search简言之就是通过输入一段氨基酸序列,在数据库中搜索其可能存在那些的那白中。在输入框中粘贴氨基酸序列或者导入包含序列的文件(注:单个序列至少包含2个氨基酸,一次最高可以输入100个序列信息)

 

 

输入序列之后,下面可以进行其他参数的设置,如选定物种范围,是否只搜索reviewed范围,是否区分亮氨酸和异亮氨酸等等。

 

待数据库对输入的序列进行比对完成之后就可以看到匹配结果了,这地方我们可以看到以NWGLSVYADKPETTKEQLGEFYEALDCLR为例,匹配人的数据库发现有两个蛋白中存在这个氨基酸序列。

 

 

Uniprot数据库为从事蛋白研究提供了非常多的便利。同时Uniprot网站也在不断的升级更新,以为我们提供更好的体验。

相关产品

暂时没有内容信息显示
请先在网站后台添加数据记录。
华盈生物

电话:400-869-2936
传真:021-33938792
QQ:2120485725

地址:上海市张江高科技园区法拉第路249号6幢B座

战略合作

战略合作

发布时间:2021-08-11 17:21:10

|    Full Moon    |    RayBiotech    |    CDI    |    IZON    |    Bio-Rad    |    R&D Systems    |    IsoPlexis    |    南模生物    |    欧易生物    |    其明信息    |    美吉生物    |    麦特绘谱    | 

 

特别说明:本网所有网页均为华盈生物原创信息,转载必须征求华盈生物同意,并同时注明本网名称及网址。

Copyright © 2021 上海华盈生物医药科技有限公司 版权所有
搜索
搜索
关闭
客户留言
验证码