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蛋白质组学研究需要了解的UniProt数据库的实用小功能
- 分类:华盈视角
- 作者:华盈生物
- 来源:
【概要描述】Uniprot数据库是目前蛋白质研究领域信息最为全面,资源最为广泛的数据库,能够给从事蛋白研究的人员提供有力支持。
蛋白质组学研究需要了解的UniProt数据库的实用小功能
【概要描述】Uniprot数据库是目前蛋白质研究领域信息最为全面,资源最为广泛的数据库,能够给从事蛋白研究的人员提供有力支持。
- 分类:华盈视角
- 作者:华盈生物
- 来源:
- 发布时间:2022-05-20 14:38
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Uniprot数据库是目前蛋白质研究领域信息最为全面,资源最为广泛的数据库,能够给从事蛋白研究的人员提供有力支持。最近Uniprot数据库官方网站进行了全新的改版和升级
网站地址:https://beta.uniprot.org/
(目前还是beta版本,预计2022年正式上线)
但是很多老师和科研工作者对这个数据库还不是特别熟悉,由此,华盈生物以新网站为例,介绍几个非常实用的小功能,教你玩转Uniport蛋白信息数据库。
| 简要搜索
在数据中直接搜索疾病名称,蛋白类别或者功能描述可以快速找到自己感兴趣的蛋白信息。如我们这地方搜索“细胞凋亡(apoptosis)”后就会出现大量相关研究的蛋白信息,然后可以点击左侧的选项卡片进一步筛选自己喜欢的蛋白。
| ID转换
我们知道基因有各种各样的ID,很多时候我们需要进行不同的数据比对时候发现ID不一致,这个时候我们的Uniprot网站上的这个功能就能够派上用场了,打开网站后就可以看到ID mapping。
将自己需要进行转化的ID粘贴到输入框中,或者点击load from a text file将ID文件导入进来,然后选择下方的From database 和To database中对应的ID类型,如果要更严格的筛选的话可以输入物种名称或者对应的物种ID缩小范围,最后点击Map IDs等待数据库对ID进行匹配转化,等待数据库进行匹配就可以了。
匹配完成之后,我们就可以看到最终的匹配结果了,同样可以点击左边的选项卡片进一步筛选。点击上面的Download按钮可以将本次mapping的结果下载下来。
| Peptide search
Peptide search简言之就是通过输入一段氨基酸序列,在数据库中搜索其可能存在那些的那白中。在输入框中粘贴氨基酸序列或者导入包含序列的文件(注:单个序列至少包含2个氨基酸,一次最高可以输入100个序列信息)
输入序列之后,下面可以进行其他参数的设置,如选定物种范围,是否只搜索reviewed范围,是否区分亮氨酸和异亮氨酸等等。
待数据库对输入的序列进行比对完成之后就可以看到匹配结果了,这地方我们可以看到以NWGLSVYADKPETTKEQLGEFYEALDCLR为例,匹配人的数据库发现有两个蛋白中存在这个氨基酸序列。
Uniprot数据库为从事蛋白研究提供了非常多的便利。同时Uniprot网站也在不断的升级更新,以为我们提供更好的体验。
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