MPP-1经典代谢通路广筛PCR芯片

       经典代谢通路广筛PCR芯片(Metabolomic Pathway Profiling PCR Array-1, MPP-1) 选取了12条经典代谢相关通路中的168个节点基因进行整合检测。这些代谢通路覆盖了动物细胞内大部分代谢途径以及调控途径。MPP-1芯片是监控细胞和组织内代谢变化、研究肿瘤重编程和沃伯格效应(Warberg effect) 等代谢相关调控机理的经典研究工具，与代谢组学联合使用还可进一步提升数据层次。MMP-1芯片可通过一次实验完成多条通路节点基因的检测，不仅有利于快速发现实验样本中关键的调变通路，而且有助于理解这些通路间的复杂网络调控关系（cross-talk）。同时，PCR芯片结果不需要再进行验证，对于样品、时间、经费也更加节省。

 

 

 

|   PCR芯片简介

       MPP-1芯片由2张96孔芯片组成，每张96孔芯片包含84对PCR引物，这些引物都是经过预先验证的包被在指定的孔板中，每块板有12个反应孔包被了不同类型的对照，用以检测从反转录到qPCR整个过程的反应效率。芯片设计：从A排到G排的84个孔中是包被好的特异性基因引物，H排有5个看家基因，可作为array数据标准化过程中样品的阳性对照。一个GDC：基因组DNA对照，可用于检测RT-PCR反应体系中是否有基因组DNA污染。3个RTC：spike-in反转录对照，可用于检测逆转录反应的质量。3个PTC：阳性PCR对照，主要用于实时监测array反应板的PCR扩增效率，从而快速评估数据的质量。

|   通路（12条）和基因（168个）

●   PI3K-AKT Signaling Pathway: AKT3；BAD；BCL2；BCL2L1；BCL2L11；CCND1；CDK2；CDKN1A；CDKN1B；CHUK；CSF1R；EIF4EBP1；FOXO3；GSK3B；IFNAR1；IRS1；ITGB1；MAP2K1；MDM2；MTOR；MYC；NFKB1；PDPK1；PRKCA；PTK2；RPS6KB1；STK11；TP53；TSC2

●   AMPK Signaling Pathway: ACACA；ACACB；ADRA1A；AKT3；CAB39；CAMKK2；EEF2K；EIF4EBP1；ELAVL1；GYS1；HMGCR；HNF4A；LIPE；MLYCD；MTOR；PDPK1；PFKFB1；PPARGC1A；PRKAG2；RPS6KB1；SLC2A4；SREBF1；STK11；STRADB；TSC1；TSC2；ULK1

●   Glucose Metabolism：ALDOA；FBP1；G6PD；GPI；PFKL；PGLS；PGM2；RBKS；RPE；RPIA；TALDO1；TKT

●   Insulin Signaling Pathway：ACACA；AKT3；ARAF；CBL；EIF4EBP1；FASN；G6PC；GCK；GRB2；GSK3B；HRAS；INS；INSR；IRS1；MAP2K1；MAPK1；MTOR；PDPK1；PIK3CA；PPP1CA；PRKCI；PTPN1；PTPRF；SLC2A4；SORBS1；SOS1；SREBF1

●   Fatty Acid Metabolism：ACAA2；ACADL；ACADM；ACADSB；ACOX1；CPT1C；CPT2；ECHS1；EHHADH；HADHA

●   Adipogenesis：ACACB；ADIPOQ；IRS1；LEP；PPARA；RXRA；TNF；TNFRSF1A；TNFRSF1B

●   PPAR Targets：ADIPOQ；ANGPTL4；APOA1；CD36；CYP27A1；CYP7A1；FABP1；FABP3；FABP4；FADS2；ILK；LPL；NR1H3；OLR1；PLTP；PPARA；PPARD；PPARG；RXRA；SCD；SLC27A4；UCP1

●   Amino Acid Metabolism：AGMAT；ALDH18A1；ALDH4A1；AMD1；AOC1；GATM；LAP3；OAT；ODC1；PRODH2；SRM

●   Hippo Signaling Pathway：AMOT；CCN2；FBXW11；FRMD6；LATS2；MOB1A；NF2；PPP1CA；PPP2CA；SAV1；SERPINE1；SMAD2；SMAD4；SMAD7；TP53BP2；WTIP；YAP1

●   Epithelial to Mesenchymal Transition：AKT3；CTNNB1；EGFR；FGFR1；FN1；GSK3B；ILK；ITGA5；ITGAV；ITGB1；MSN；PTK2；RAC1；STAT3；TGFB1

●   Cancer Drug Resistance：AKT3；ATM；BAX；BCL2；BCL2L1；BRCA1；CCND1；CCNE1；CDK2；CDK4；CDKN1A；CDKN1B；CDKN2A；EGFR；IGF1R；MYC；NFKB1；PPARD；RARA；RB1；RXRA；TP53

●   Cancer Drug Targets：AKT3；BCL2；CDC25A；CDK2；CDK4；EGFR；GRB2；HRAS；HSP90AA1；IGF1R；KRAS；MDM2；MTOR；NFKB1；PDGFRA；PDGFRB；PIK3CA；PRKCA；RHOA；TP53

| PCR芯片实验流程

●   RNA制备纯化并质检（不符合要求的需要重新提供样品送检）

●   RNA反转录为cDNA

●   配置反应体系放入固定好基因特异性引物的96孔板各孔中

●   将板置于PCR仪中，运行程序

●   计算每个基因的循环阈值(Ct)分析

●   出具实验报告包括实验方法及实时定量PCR芯片实验结果及相关图表

|   结果展示

|   PCR芯片常见问题

Q1、PCR 芯片的质量如何？

实验中的引物，试剂，实验条件，操作流程都经过严格地质检。

Q2、PCR 芯片为什么选用多个看家基因的作用？

研究发现并不是所有的看家基因在细胞和组织的所有阶段均恒定表达，如果只选用1-2个看家基因作为内参，可能会得到错误的科学结论。

Q3、PCR 芯片是否需要进行技术重复实验？

推荐生物学重复，因为PCR Array的重复性非常好，无需技术重复。

Q4、PCR芯片实验的RNA 用量？

每块96 孔板上一个样本1000ng 左右的总RNA。

Q5、PCR 芯片上的基因是怎么选择的？

这些被选中的基因必须对于相应的信号转导途径相当重要，并且是在mRNA 水平上调控的。研发人员及生物信息学科学家通过阅读已发表文献或多个数据库来筛选相关的基因，然后再用文本发掘的方法进行校对。