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细胞邻域作为PCF空间单细胞蛋白组(原Codex)技术的一个新颖的亮点,为什么要做空间邻域的分析?它是如何发现(定义)的?

细胞邻域作为PCF空间单细胞蛋白组(原Codex)技术的一个新颖的亮点,为什么要做空间邻域的分析?它是如何发现(定义)的?

【概要描述】简单介绍空间邻域在PCF中的定义

细胞邻域作为PCF空间单细胞蛋白组(原Codex)技术的一个新颖的亮点,为什么要做空间邻域的分析?它是如何发现(定义)的?

【概要描述】简单介绍空间邻域在PCF中的定义

  • 分类:技术解答
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  • 发布时间:2023-11-28 14:53
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          技术和算法的进步允许我们识别新的空间关系,但确定其中哪些是组织行为的信息仍然具有最高的临床效用和挑战性,如免疫肿瘤微环境(iTME)是肿瘤、免疫、基质和细胞外成分的复杂组合这些成分在细胞和组织空间水平上在抗肿瘤免疫中起着至关重要的作用。因此,基于组织内细胞类型的空间排列预测细胞-细胞相互作用网络(即what-where-how)正是其研究的价值所在

   细胞邻域的构建,即

1.对于数据集中的每个细胞,使用其源组织内细胞的距离图来识别由索引细胞及其10个最近邻居组成的生态位(nichewindows,识别邻居细胞的类型身份以揭示每个细胞的生态位组成2.所有的这些window根据“窗口”中每种细胞类型的比例进行非监督聚类clusters中。3.聚类后得到的组织类群根据细胞的X坐标和Y坐标信息进行模拟,展示为计算的细胞邻域在组织切片上的空间分布图。可作为新型的生物标志物为疾病治疗提供新见解。

注:为了对每种细胞类型的丰度差异进行归—化,对生态位组成niche进行了分位数归—化,并且成对相互作用的富集显示为给定细胞类型的所有细胞生态位的均值分位数。

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