新闻资讯

新闻资讯
留言咨询
与最新消息保存同步
/
/
外泌体测序原始数据如何上传GEO数据库?

外泌体测序原始数据如何上传GEO数据库?

【概要描述】GENE EXPRESSION OMNIBUS(简称GEO),是由NCBI创建的基因表达数据库,主要收录各种高通量测序和基因芯片结果数据,是目前文章投递时上传数据的主要可选数据库之一。接下来,小编会详细叙述如何将我们手中的数据结果上传到GEO数据库中。

外泌体测序原始数据如何上传GEO数据库?

【概要描述】GENE EXPRESSION OMNIBUS(简称GEO),是由NCBI创建的基因表达数据库,主要收录各种高通量测序和基因芯片结果数据,是目前文章投递时上传数据的主要可选数据库之一。接下来,小编会详细叙述如何将我们手中的数据结果上传到GEO数据库中。

  • 分类:华盈视角
  • 作者:华盈生物
  • 来源:
  • 发布时间:2022-05-19 10:18
  • 访问量:
详情

GENE EXPRESSION OMNIBUS(简称GEO),是由NCBI创建的基因表达数据库,主要收录各种高通量测序和基因芯片结果数据,是目前文章投递时上传数据的主要可选数据库之一。接下来,小编会详细叙述如何将我们手中的数据结果上传到GEO数据库中。

|   步骤一:登录或注册账号

打开网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/),若已有NCBI账号请选择“login”并登录,若没有账号请选择“here”进行账号注册(注册时,请注意不要使用qq、163、foxmail邮箱),并填写相应信息。

 

|   步骤二:完善个人信息并开始上传数据

登录完成后,重新打开网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/),完善个人信息并保存后选择“New submission”。

 

 

接下来,根据自己上传的数据类型按照下图进行选择,本次教程将以高通量测序为例进行操作。

 

|   步骤三:需要上传的数据文件

上传GEO需要三种文件,描述项目和样品信息的表格文件,该文件模板可从GEO下载(见下图,metadata spreadsheet),原始测序数据(Raw data files,即fastaq格式数据和md5码)和处理后的数据结果(Processed data files,即处理后的clean data,包括基因counts、fpkm等)。

 

 

模板下载并填写完成后,即可选择“Transfer Files”开始上传。

 

 

记录下图Step1中个人路径地址,然后点击Step2中的超链接下载上传数据用的软件。

 

 

软件下载完成打开后,选择“文件”——“站点管理器”——“新站点”,将上述信息填入对应窗口后选择“连接”

 

 

点击连接按钮后跳转出现如下界面。

 

 

在右侧远程站点后的对应窗口中填入个人路径地址连接,随后将所有需要的文件上传至个人文件夹里即可。

 

 

所有数据上传至服务器后,选择网页里Step3中的“Notify GEO”。

 

 

填写上传数据文件或文件夹名称,决定好数据释放时间,其他信息也填写完毕后,选择“Submit”即可完成数据上传工作。

 

数据上传工作已全部完成,后续等待官方邮件回复即可。

 

相关产品

暂时没有内容信息显示
请先在网站后台添加数据记录。
华盈生物

电话:400-869-2936
传真:021-33938792
QQ:2120485725

地址:上海市张江高科技园区法拉第路249号6幢B座

战略合作

战略合作

发布时间:2021-08-11 17:21:10

|    Full Moon    |    RayBiotech    |    CDI    |    IZON    |    Bio-Rad    |    R&D Systems    |    IsoPleixis    |    南模生物    |    欧易生物    |    其明信息    |    美吉生物    |    麦特绘谱    | 

Copyright © 2021 上海华盈生物医药科技有限公司 版权所有
搜索
搜索
关闭
客户留言
验证码