SomaScan超高通量蛋白组

|   SomaScan技术原理

SOMAmer（Slow Off-rate Modified Aptamer）是SomaScan的技术核心，它是基于化学修饰的单链DNA分子适配体，能够特异性识别和结合完整蛋白质三维结构上的单一表位，对靶蛋白具有高亲和力和高特异性。SOMAmer是从一个10¹⁵适配体文库中，通过多轮筛选，选择出的特异性结合每种蛋白的适配体。

（A）SOMAmer筛选流程；(B) 高分辨率展示SOMAmer和蛋白的结合。（引自Kraemer S et al. 2024.）

|   SomaScan检测流程

(A) SOMAmer试剂固定化：SOMAmer试剂通过其生物素结构域被固定在链霉亲和素珠（streptavidin beads）上。

(B) 初次捕获（Catch1）：将含蛋白质的样品稀释后加入含有SOMAmer试剂的链霉亲和素珠。在结合步骤中，样品中的蛋白质与SOMAmer试剂形成特异性和非特异性复合物。

(C) 蛋白质生物素化：​​Catch1后的洗涤步骤去除了未结合的蛋白质和其他样品成分。与SOMAmer试剂结合的蛋白质被标记上生物素。

(D) 光解离：​​用紫外光照射样品，裂解SOMAmer试剂内部的光解离连接基团，将SOMAmer-蛋白质复合物释放到溶液中。

(E) 去除非特异性结合蛋白：​​在光解离反应过程中，加入一种多聚阴离子竞争剂，利用SOMAmer试剂的动力学特性，该竞争剂能衰减非特异性复合物的再结合作用，从而进一步增强特异性。

(F) 二次捕获（Catch2）：​​产生的SOMAmer-蛋白质复合物以及游离蛋白质（如果有的话），通过蛋白质上的生物素标签被捕获到链霉亲和素珠上。Catch2后的洗涤步骤去除了不构成蛋白质复合物的SOMAmer试剂。

(G) SOMAmer试剂释放：与生物素化蛋白质结合的SOMAmer试剂从蛋白质复合物中被释放出来。

(H) 杂交与检测：​​释放的SOMAmer试剂被杂交到微阵列芯片上。通过微阵列检测SOMAmer试剂固有的荧光标签，荧光信号的强度与原始样品中的蛋白表位（即目标蛋白）数量成正比。

（引自Kraemer S et al. 2024.）

|   SomaScan技术优势

|   SomaScan准确性与稳定性测评分析

该测评项目收集了来自全球17个实验室收集的30多万份血浆样本样本进行SomaScan检测，检测时间宽度大约3年。

Plasma Calibrator：校准试剂，确保定量准确和跨批次可比性

Plasma QC1：质控试剂，反馈实验稳定性与精确性

Blank：消除背景干扰，提高数据的信噪比

（针对核心样本（血清、血浆），Somascan每个96板可检测85例样本）

散点图展示了QC样本的平均CV值非常低，只有3.28%。

多平台数据比较：SomaScan的数据完整性最高、CV值最低

同时将SomaScan 7K和11K、Olink 3K和5K、去高丰度蛋白-质谱、磁珠富集低丰度蛋白-质谱、PRM靶向蛋白质谱（绝对定量，作为参考标准）检测的血浆蛋白组数据进行平行比较（Kirsher D et al. 2025）。

引自Kirsher D et al. 2025

依据缺失数据统计数据完整性（质谱缺失数据：样本中检测值为0或没有检测到；SomaScan、Olink缺失数据：检测值低于平台设定的检测下限），结果显示SomaScan 7K和11K的数据完整性最高。

和其他蛋白组平台比较，SomaScan 7K和11K数据的CV值最低。

|   相关文献

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