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ABPP:基于活性的蛋白质组学分析服务
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ABPP:基于活性的蛋白质组学分析服务

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基于活性的蛋白质组学分析技术ABPP(Activity-Based Protein Profiling)是在点击化学和LC-MS质谱基础上发展起来小分子化合物靶点蛋白筛选技术。相较于常规的基于生物素(244.31Da)标记的Pulldown技术不同,ABPP技术是将小分子标记上分子量较小的炔基后处理细胞或动物,再通过简便高效的点击化学反应,在铜离子的催化下将结合上靶点蛋白的炔基小分子连接到带有叠氮的磁珠上,通过磁珠离心获取小分子靶向结合的靶点蛋白。

进一步,通过LC-MS分析出小分子的潜在靶点蛋白谱。由于炔基的基团很小,其标记的小分子不仅对其活性结构的影响小,而且对其溶解度及进入细胞的能力也几乎不存在干扰。因此,ABPP可以活细胞或活体动物组织内筛选小分子的结合靶点蛋白,是一种拥有广阔前景的小分子靶点筛选技术。

|   技术路线

|   技术优势

● 拥有完整的小分子炔基标记体系;

● 炔基修饰对小分子活性影响低;

● 可检测活细胞中结合蛋白

● 药-靶结合可视化展示

● 个性化数据分析

|   经典案例:ABPP技术发现雷公藤红素改善肝纤维化靶点

雷公藤红素是明星小分子天然产物,具有多靶点多功能性的特点。本研究发现雷公藤红素有改善肝纤维化的功能。为识别雷公藤红素的潜在靶点蛋白,探索其改善肝纤维化的具体机制,研究人员设计并合成了带有炔基基团的雷公藤红素探针(Cel-P)。进一步,将Cel-P与人LX-2进行孵育,提取蛋白后,通过点击化学将Cel-P连接到带有叠氮的磁珠上进行Pulldown和质谱实验(即为ABPP)。ABPP实验发现Cel-P直接与过氧化还原蛋白(PRDX)家族成员有广泛的结合,还可与血红素加氧酶 1 (HO-1)直接结合。

通过一系列的功能实验,研究人员最终证实雷公藤红素在不影响蛋白表达的情况下,可以通过修饰其活性半胱氨酸位点Cys83 和 Cys173来抑制PRDX蛋白的酶活性,进而增加活化的小鼠肝星状细胞HSC中ROS的含量。此外,雷公藤红素还可通过结合并上调HO-1的表达增加Fe2+和脂质过氧化物LPO的累积。这些物质的累积可以进一步诱导活化的HSC发生铁凋亡,从而改善肝纤维化的症状。

该研究通过揭示雷公藤红素改善肝纤维化的直接蛋白靶点和分子机制,为雷公藤红素用于肝纤维化治疗提供了重要依据。

|   代表性文献

[1]. Zheng ZG, Xu YY, Liu WP, et al. Discovery of a potent allosteric activator of DGKQ that ameliorates obesity-induced insulin resistance via the sn-1,2-DAG-PKCε signaling axis. Cell Metab. 2023;35(1):101-117.e11. (中国药科大学中药学院生药学教研室)IF=27.7 

[2]. Dong X, Lu S, Tian Y, et al. Bavachinin protects the liver in NAFLD by promoting regeneration via targeting PCNA. J Adv Res. 2024;55:131-144. (中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所)IF=27.7 

[3]. Tao Y, Felber JG, Zou Z, et al. Chemical Proteomic Discovery of Isotype-Selective Covalent Inhibitors of the RNA Methyltransferase NSUN2. Angew Chem Int Ed Engl. 2023;62(51):e202311924. (美国斯克里普斯研究所化学系和 Skaggs 化学生物学研究所)IF=16.1 

[4]. Liu Z, Remsberg JR, Li H, et al. Proteomic Ligandability Maps of Spirocycle Acrylamide Stereoprobes Identify Covalent ERCC3 Degraders. J Am Chem Soc. 2024;146(15):10393-10406. (美国加利福尼亚州拉霍亚 92037 斯克里普斯研究中心化学系)IF=14.4 

[5]. Castellón JO, Ofori S, Burton NR, et al. Chemoproteomics Identifies State-Dependent and Proteoform-Selective Caspase-2 Inhibitors. J Am Chem Soc. 2024;146(22):14972-14988.(加州大学洛杉矶分校大卫格芬医学院生物化学系)IF=14.4 

[6]. Chen P, Zhong X, Song Y, et al. Triptolide induces apoptosis and cytoprotective autophagy by ROS accumulation via directly targeting peroxiredoxin 2 in gastric cancer cells. Cancer Lett. 2024;587:216622. (深圳市人民医院呼吸与危重症医学科)IF=9.1 

[7]. Abbruzzese C, Matteoni S, Matarrese P, et al. Chlorpromazine affects glioblastoma bioenergetics by interfering with pyruvate kinase M2. Cell Death Dis. 2023;14(12):821. Published 2023 Dec 13. (里贾纳埃琳娜国家癌症研究所)IF=8.1 

[8]. Della Pietra A, Krivoshein G, Ivanov K, et al. Potent dual MAGL/FAAH inhibitor AKU-005 engages endocannabinoids to diminish meningeal nociception implicated in migraine pain. J Headache Pain. 2023;24(1):38. Published 2023 Apr 11. (芬兰库奥皮奥东芬兰大学)IF=7.3 

[9]. Zhao WS, Chen KF, Liu M, et al. Investigation of targets and anticancer mechanisms of covalently acting natural products by functional proteomics. Acta Pharmacol Sin. 2023;44(8):1701-1711.(中国科学院上海药物研究所国家新药研究重点实验室)IF=6.9 

[10]. Han L, Chang PV. Activity-based protein profiling in microbes and the gut microbiome. Curr Opin Chem Biol. 2023;76:102351.(康奈尔大学化学与化学生物学系)IF=6.9 

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发布时间:2021-08-11 17:21:10

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发布时间:2023-06-09 17:38:30
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