1.单细胞转录组测序揭示非T_FH滤泡T细胞亚群的表型特征

研究者首先收集了非肿瘤转移淋巴结(MFLN，n=7)和滤泡性淋巴瘤(FL，n=6)样本进行scRNA-seq，总共将T细胞共分为了9个亚群，其中包含两个非T_FH滤泡T细胞亚群(T_FR和T_FC细胞)以及7个已知亚群，进一步的将T_FC划分为CD4+的TFC细胞(T_FC4)和CD8+的TFC细胞(T_FC8)。基因差异表达分析发现FL中的T_FR同时高表达Treg标志物 (FOXP3和IL2RA)和典型T_FH相关基因(CXCR5和PDCD1)。而T_FC4 和T_FC8会表达细胞毒性相关基因（GZMK和GZMM）和干细胞样特征基因（TCF7）。研究者也开展了泛癌分析，揭示了不同癌症中T_FR、T_FC4、T_FC8的异质性。

2.Xenium发现非T_FH滤泡T细胞亚群的空间表型特征

为了绘制FL中T_FR、T_FC4、T_FC8的空间分布，研究者对12例 FL样本进行了Xenium空间单细胞转录组分析。研究者首先发现了T_FR、T_FC4、T_FC8细胞的基因表达模式，验证了scRNA-seq的分析结果。进一步研究发现，T_FR细胞邻近肿瘤滤泡（NF）区域，而T_FC细胞主要分布在NF外围的T zone区域。基因表达分析揭示了CXCL13是驱动T_FR细胞靠近NF的关键因子，而CCL19/21是驱动T_FC细胞靠近T zone区域的主要因子。

3. PCF空间单细胞蛋白组揭示非T_FH滤泡T细胞亚群的空间互作关系

为进一步获取T_FR、T_FC4、T_FC8的生态位，并了解这些T细胞亚群的空间互作关系，以及开展临床转化，研究团队利用PCF空间单细胞蛋白组对242 例FL样本进行了28个抗体的检测，构建了多重数字空间数据multiplex digital spatial profiling（MDSP）。PCF首先在蛋白水平验证了T_FR细胞（CD3e+CD4+PD-1+FOXP3+）和T_FC细胞（CD4+CD8+CD3e+GZMK+PD-1+TCF1+）。PCF描绘的这些T细胞亚群与NF或恶性B细胞之间的空间距离关系与Xenium分析所表明的关系相吻合。基于细胞距离的空间相互作用分析揭示了T_FR、T_FC4、T_FC8、T_FH和Tct-exh细胞具有很强的相互作用。结合细胞共定位的相关性分析，研究者确定了T_FR和T_FH细胞之间以及T_FC4和T_FC8细胞之间的显著相关性。细胞邻域分析发现了T_FR和T_FH细胞共同形成了一个细胞邻域（#11），而T_FC4和T_FC8细胞与Tct-exh细胞形成了一个邻域（#1），这与它们在NF边缘区域的偏好分布一致。总的来说，FL的空间转录组学和PCF揭示了滤泡T细胞亚群的独特拓扑生态位形成。

4.PCF空间单细胞蛋白组揭示非T_FH滤泡T细胞亚群临床预后价值

基于T_FR、T_FC4、T_FC8的空间互作关系，研究者首先开展了功能实验，发现了T_FR细胞可以抑制T_FH细胞，从而减弱T_FH细胞促进恶性B细胞增殖的作用；而T_FC8细胞可以直接杀死恶性B细胞。

为评估这些滤泡 T 细胞亚群的临床意义，研究者分析了PCF空间单细胞蛋白组数据。结果发现了T_FR 或 T_FC 细胞高比例的患者无复发生存期（TTR）显著延长，且同时高表达 T_FR 和 T_FC细胞的患者预后最佳。

这项研究系统鉴定了FL中三种新型滤泡T细胞亚群，并结合空间转录组和蛋白组揭示了这些细胞独特的空间分布和功能分工形成的抗肿瘤免疫网络。这项研究利用PCF空间单细胞蛋白组提出新的预后模型为临床研究提供了新的策略。

本文PCF空间单细胞蛋白组检测的抗体信息

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