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外泌体测序原始数据如何上传GEO数据库？
- 分类：华盈视角
- 作者：华盈生物
- 来源：
【概要描述】GENE EXPRESSION OMNIBUS（简称GEO），是由NCBI创建的基因表达数据库，主要收录各种高通量测序和基因芯片结果数据，是目前文章投递时上传数据的主要可选数据库之一。接下来，小编会详细叙述如何将我们手中的数据结果上传到GEO数据库中。
外泌体测序原始数据如何上传GEO数据库？
【概要描述】GENE EXPRESSION OMNIBUS（简称GEO），是由NCBI创建的基因表达数据库，主要收录各种高通量测序和基因芯片结果数据，是目前文章投递时上传数据的主要可选数据库之一。接下来，小编会详细叙述如何将我们手中的数据结果上传到GEO数据库中。
- 分类：华盈视角
- 作者：华盈生物
- 来源：
- 发布时间：2022-05-19 10:18
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GENE EXPRESSION OMNIBUS（简称GEO），是由NCBI创建的基因表达数据库，主要收录各种高通量测序和基因芯片结果数据，是目前文章投递时上传数据的主要可选数据库之一。接下来，小编会详细叙述如何将我们手中的数据结果上传到GEO数据库中。
| 步骤一：登录或注册账号
打开网址（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/），若已有NCBI账号请选择“login”并登录，若没有账号请选择“here”进行账号注册（注册时，请注意不要使用qq、163、foxmail邮箱），并填写相应信息。
| 步骤二：完善个人信息并开始上传数据
登录完成后，重新打开网址（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/），完善个人信息并保存后选择“New submission”。
接下来，根据自己上传的数据类型按照下图进行选择，本次教程将以高通量测序为例进行操作。
| 步骤三：需要上传的数据文件
上传GEO需要三种文件，描述项目和样品信息的表格文件，该文件模板可从GEO下载（见下图，metadata spreadsheet），原始测序数据（Raw data files，即fastaq格式数据和md5码）和处理后的数据结果（Processed data files，即处理后的clean data，包括基因counts、fpkm等）。
模板下载并填写完成后，即可选择“Transfer Files”开始上传。
记录下图Step1中个人路径地址，然后点击Step2中的超链接下载上传数据用的软件。
软件下载完成打开后，选择“文件”——“站点管理器”——“新站点”，将上述信息填入对应窗口后选择“连接”
点击连接按钮后跳转出现如下界面。
在右侧远程站点后的对应窗口中填入个人路径地址连接，随后将所有需要的文件上传至个人文件夹里即可。
所有数据上传至服务器后，选择网页里Step3中的“Notify GEO”。
填写上传数据文件或文件夹名称，决定好数据释放时间，其他信息也填写完毕后，选择“Submit”即可完成数据上传工作。
数据上传工作已全部完成，后续等待官方邮件回复即可。
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