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20K做小分子靶点筛选比 pulldown+MS 的优势?

20K做小分子靶点筛选比 pulldown+MS 的优势?

【概要描述】

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1)芯片实验为体外实验,芯片上每个蛋白点相互独立,保证筛选到的互作蛋白

均为目标蛋白的直接结合蛋白,数据分析简单;pull down-LC/MS 检测到的是与小分子有结合的蛋白复合物,不一定是直接结合的蛋白。

2)pulldown 使用细胞内的蛋白进行检测,如果细胞中目的蛋白表达量少的话,拉下来的互作蛋白也少,质谱打出来目的蛋白的可能性也很小。

3)在不同组织、细胞、细胞器中,蛋白的表达丰度差异很大,传统的 pull down 等实验很难发现低丰度蛋白,人类蛋白组芯片上的蛋白是酵母纯化表达的蛋白,可以保证每种蛋白的丰度,芯片实验容易发现潜在的结合蛋白。

4)利用人类蛋白组芯片实验筛选互作蛋白,从蛋白质层面分析互作数据,避免

pull down后质谱鉴定时,从多肽水平跨层分析互作蛋白的不确定性和复杂

性。

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发布时间:2021-08-11 17:21:10

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