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空间转录组与PCF空间单细胞蛋白组的区别?

空间转录组与PCF空间单细胞蛋白组的区别?

【概要描述】

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  • 分类:技术解答
  • 作者:华盈生物
  • 来源:
  • 发布时间:2024-03-29 12:52
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①检测对象不同。

空间转录组是对数千种mRNA在组织原位上的表达进行分析,是从RNA层面定义细胞亚群,RNA反映的是调控过程,不是决定细胞的功能效应因子,其变化不一定会同步体现在蛋白质上。而蛋白质是生物功能的最终体现者。因此定义细胞的种类和功能,蛋白质层面的证据更为直接和准确。空间单细胞蛋白组可对数百种蛋白质在组织原位上的分布和表达进行分析(单细胞水平),是从蛋白水平定义细胞亚类和细胞功能状态的有力工具。

②分辨率。很多空间转录组(例如10x、DSP)达不到单细胞分辨率,PCF空间单细胞蛋白组分辨率为0.25um,能够实现真正意义的单细胞水平

③空单蛋更直接,如果研究目的就是分析重要的免疫细胞和肿瘤细胞或基质细胞间的关系,利用空单蛋的检测指标可以精确的聚焦在这些细胞类型的分析中。

④空单蛋可以无缝衔接空间转录组开展多组学联合分析。首先空单蛋发现感兴趣的细胞互作特征区域,连续切片ROI圈选发现的特征区域开展GeoMX DSP 空间转录组,揭示特征区域中不同细胞类型的基因表达谱。其次空单蛋在单细胞分辨率下定义细胞表型,因此空间转录组可以联合空单蛋对细胞进行注释。

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