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①成像面积。IMC一般选择ROI为1mm2进行检测，PCF可以一次实现 630mm2 (18mm×35mm)全片成像。以60芯的组织芯片为例，IMC的费用超过60万，而PCF的费用低于10万。
②检测速度&效率。PCF一天可以扫描 630mm2，IMC一般一天可测 4-5mm2，检测时间太长会对抗体稳定性等产生影响，因此，当关注面积比较大或者用组织芯片的 时候 PCF 更具有优势。
③PCF分辨率。虽然两者都能达到单细胞水平，但PCF分辨率更高，IMC 分辨率是1μm，PCF是0.25μm，对于亚细胞结构及细胞间隙的识别，PCF 优势更大。
④成像真实性。IMC成像是每个点的组织被气化后通过CyTOF的质量检测器分析，再根据获得每一个点的质谱信息重建组织图像。而PCF是直接用显微镜对组织拍照获得的真实图像，即所见即所得。
⑤检测指标数。IMC信号强度较高的通道40个左右，而且具有边缘效应，有些通道信号弱，对表达量低的蛋白检测会受限制。因此当指标超过40个时，IMC的检测质量就会受影响，PCF采用3种高强度荧光替换的方式，针对人石蜡样本可同步检测100多个蛋白。
⑥PCF体系更优化，定制抗体更具优势。
⑦IMC采用激光点阵消融法，每个点阵间存在细微的间隔，空单蛋使用高分辨率显微镜成像，不遗漏组织上的每一个区域。
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