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PCF空间单细胞蛋白组(原Codex)技术如何运行?其原理是什么?

PCF空间单细胞蛋白组(原Codex)技术如何运行?其原理是什么?

【概要描述】简单介绍PCF技术是如何运行的

PCF空间单细胞蛋白组(原Codex)技术如何运行?其原理是什么?

【概要描述】简单介绍PCF技术是如何运行的

  • 分类:单细胞技术FAQ
  • 作者:
  • 来源:
  • 发布时间:2023-11-28 14:51
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这个系统由三个部分组成,包括:

1、试剂。试剂中包含对目标蛋白或者目标mRNA进行结合的抗体和荧光报告探针,以及相关的试剂、耗材;对于每一个要检测的目标蛋白,用一个针对这个目标蛋白的抗体,偶连上一段有特定 barcode 序列的 DNA 标签链。抗体部分负责识别目标蛋白,barcode 标签DNA序列可以与报告探针的 DNA 链相互补从而被报告探针Reporters所识别。

2、仪器。包括成像系统和杂交、清洗的液流系统。

3、分析软件。软件可以把仪器获得的图像信息转变成单细胞的空间组学信息,从而进行进一步的数据分析

具体的流程为:

第一步,把检测的抗体 panel 与切片进行孵育。孵育的过程中抗体就会结合到相应的抗原上;

第二步,开始进行第一轮的杂交显色。加入第一组3个荧光报告探针进行杂交,这3个探针针对3个不同的蛋白上结合的抗体,并且这3个探针分别发出不同颜色的荧光。杂交好之后,用显微镜对切片进行拍照成像。接下来,把第一轮结合上的报告探针洗掉。在这一轮的杂交中,检测到了3种蛋白。然后进入第二轮的杂交显色。加入第二组的3个荧报告探针。把杂交、拍照、洗脱的这个过程重复再做一遍。检测到第二轮的另外3种蛋白。再接着,做三轮、第四轮,第 N 轮的杂交显色。这样,经过多轮的杂交显色,就可以把一个 panel 中所针对的全部蛋白都检测到。

注:荧光检测的通道有4种:分别为647,550,750和488通道,其中石蜡切片的自发荧光比较强,尤其是488通道,所以石蜡样本不用488通道,只用于冰冻切片。

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