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1. 细胞和组织样本的处理：
收集样本： 采集细胞培养物或组织样本时，要确保采样的迅速和准确，以避免蛋白质降解。
细胞裂解： 对细胞样本进行裂解，以释放细胞内的蛋白质。这通常涉及使用裂解缓冲液和机械方法。
组织破碎： 组织样本需要被破碎、粉碎或切片，然后与裂解缓冲液混合。
2. 蛋白质提取：
细胞和组织： 提取蛋白质的方法因样本类型而异。使用合适的缓冲液，如RIPA缓冲液或SDS缓冲液，来裂解细胞或组织，释放蛋白质。
生物体液： 血清、尿液等生物体液中的蛋白质需要进行富集，例如通过沉淀、过滤、离心等方法。
3. 蛋白质富集：
动态范围压缩： 复杂样本中富含高丰度和低丰度的蛋白质。富集低丰度蛋白质可以提高对其的检测灵敏度。常见的富集方法包括凝胶过滤、聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）切片等。
4. 样本洗涤：
去除杂质： 样本可能含有杂质，如盐、脂类等，需要进行洗涤步骤以减少对后续分析的干扰。
5. 蛋白质定量：
比色法： 使用BCA、Bradford或Lowry等比色法来测定蛋白质的浓度，以便在实验中使用适量的样本。
质谱前定量： 对于质谱分析，可以使用定量标准品进行内部标定。
6. 还原和酶解：
还原： 使用还原剂（如二巯基甲酰胺，DTT）还原样本中的蛋白质二硫键，使其变为可酶解的形式。
酶解： 使用蛋白酶（如胰蛋白酶）将蛋白质酶解成肽段，为质谱分析做准备。
7. 肽段分离：
透析或柱层析： 通过透析或柱层析来去除还原剂、酶等残留物，准备肽段进入质谱仪。
8. 数据分析前准备：
标记： 对于定量分析，可以进行同位素标记（如TMT、iTRAQ）来标记样本，以便在质谱分析中进行定量。
分馏： 对于复杂样本，可以进行液相色谱（LC）分馏，以减少复杂性，增加蛋白质鉴定率。
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