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20K人类蛋白质组芯片应用于RNA结合蛋白筛选的经典案例

20K人类蛋白质组芯片应用于RNA结合蛋白筛选的经典案例

【概要描述】详细介绍了一些20K人类蛋白质组芯片应用于RNA结合蛋白筛选的经典案例

20K人类蛋白质组芯片应用于RNA结合蛋白筛选的经典案例

【概要描述】详细介绍了一些20K人类蛋白质组芯片应用于RNA结合蛋白筛选的经典案例

  • 分类:技术解答
  • 作者:华盈生物
  • 来源:
  • 发布时间:2023-09-19 13:23
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HuProt™ 20K人类蛋白组芯片适用于以蛋白质相互作用为基础原理的各种研究领域,具备广泛的应用价值。HuProt™ 20K人类蛋白组芯片可实现蛋白质与核酸(DNA/RNA)特异性结合的高通量筛选。该芯片可迅速定位与目的核酸结合的蛋白质及其背后丰富的生物信息,在转录因子筛选、LncRNA调控、 RNA毒性、病原微生物侵袭等研究中发挥重要作用。

案例1

2022年1月,浙江大学医学院附属邵逸夫医院金洪传教授课题组在Clin Transl Med(IF=10.6)上发表文章,研究通过微阵列鉴定化疗耐药相关的lncRNA,并通过定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)进行验证。 通过人类蛋白质组芯片鉴定了 lncRNA 结合的蛋白质,并通过 RNA 免疫沉淀 (RIP) 和 RNA Pull-down 测定进行验证。结果发现,LNC942在化疗耐药的GC细胞中表达上调,其高表达与GC患者的不良预后呈正相关。 功能研究表明,LNC942 通过损害细胞凋亡和诱导干细胞赋予 GC 细胞化学抗性。 机制上,LNC942 通过阻止 MSI2与 SCFβ-TRCPE3 泛素连接酶的相互作用来上调 MSI2 表达,最终抑制泛素化。 然后,LNC942 以 N6-甲基腺苷 (m6A) 依赖性方式稳定 c-Myc mRNA。 作为一种潜在的 m6A识别蛋白,MSI2 通过 m6A 修饰稳定 c-Myc mRNA。 此外,抑制 LNC942-MSI2-c-Myc 轴被发现可以恢复体外和体内的化学敏感性。

案例2

2023年6月,首都医科大学公卫学院高艾教授团队在毒理学Top期刊Food Chem Toxicol上发表文章,研究发现lncRNA OBFC2A 在接触苯的工人中显著上调,并且与血细胞计数减少相关。 lncRNA OBFC2A受氧化应激调节,并在体外苯代谢物1,4-苯醌(1,4-BQ)引起的细胞自噬和凋亡中发挥作用。 从机制上讲,蛋白质芯片、RNA pull-down和 FISH 共定位发现,lncRNA OBFC2A 直接与分子伴侣介导的自噬 (CMA) 调节因子LAMP2 结合,并上调其在 1,4-BQ 处理的细胞中的表达。 LncRNA OBFC2A 敲低减轻了1,4-BQ 引起的 LAMP2 过表达,证实了它们的调节关系。 总之,研究利用20K人类蛋白质组芯片发现LncRNA OBFC2A通过与LAMP2相互作用调节苯代谢物诱导的自噬和凋亡。

案例3

2019年6月,复旦大学基础医学院-吴兴中教授团队在Theranostics(IF=12.4)上发表文章,使用微阵列筛选在硫苷脂处理的细胞中具有差异表达谱的一整套 lncRNA。使用20K人类蛋白质组芯片和RNA Pull-down实验来鉴定与 lncRNA 相互作用的蛋白质。采用表观遗传学分析来研究 lncRNA 介导的调控机制。结果鉴定出 lncRNA AY927503 (AY) 是一种转移相关分子,在人肝细胞癌 (HCC) 中高表达,与 HCC 患者的转移事件和不良预后相关。AY 促进小鼠肝癌细胞迁移、干性、5-氟尿嘧啶耐药性和转移。AY 通过与 ITGAV 启动子特异性相互作用并刺激其活性,强烈促进 ITGAV 转录和 αVβ3 表达。 AY 被确定与组蛋白 1FX (H1FX) 相互作用,但删除 AY (AYΔ371-522) 的中心结构域会消除 H1FX 结合和 ITGAV 启动子刺激。 AY 显着富集了 H3K4Me3 和 acH3K9/14,但减少了 H3K27Me3 和 H1FX 在 ITGAV 启动子上的占据,从而重塑了 RNA 聚合酶 II 募集的染色质结构。H1FX 的敲低消除了 AY 刺激的 ITGAV 转录。研究结果表明,lncRNA AY 通过诱导 ITGAV 转录的染色质修饰作为先锋因素来促进 HCC 转移,并且是 HCC 患者转移或不良预后的潜在分子特征。

总之,上述3个经典案例为我们展示了20K人类蛋白组芯片在RNA结合蛋白的筛选中的用途,是RNA Pull-down以外的又一选择手段。

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发布时间:2023-06-09 17:38:30
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